CANOCO

Canoco je komerční software vyvinutý speciálně pro analýzu širokého spektra dat vztaženích ke společenstvům. Nicméně záběr jeho využití je podstatně širší, neboť umí velkou spoustu mnohorozměrných metod – je jich několik desítek a členěny jsou do šesti hlavních skupin mnohorozměrných analýz (kap 4.3.4) a skupiny dalších doplňujících analýz. My se na tomto místě podíváme jen na základní funkcionalitu.

Informační zdroje

Kompletní praktický popis ovládání včetně statistického pozadí a příkladů je v manuálu ter Braak, C.F.J. et Šmilauer, P. (2012). Canoco. Biometrics: Wageningen et České Budějovice. Bez něj se neobejdete a dostanete jej zdarma k zakoupenému software.
Kromě níže uvedených videí můžete zkusit nějaké info najít v přehledu programu a v galerii hlavní funkcionality.

Import dat

Důrazně doporučujeme použít import z MS Excel (existují i jiné formáty pro import) a držet se následujících pravidel:

  • data musí mít databázovou strukturu – první řádek jsou jména proměnných, první sloupec je označení případu
  • u druhů používejte celých názvů oddělených mezerou – CANOCO z nich vytvoří během importu rozumné zkratky
  • mějte druhová i environmentální data v jednom XLS/XLSX souboru
  • pokud budete mít nominální proměnné kódovány nečíselnými znaky – CANOCO rovnou při importu pozná, že jde o nominální proměnnou (takže raději pohlaví kódujte F a M a ne 1 a 0) – jinak to budete muset nastavovat ručně
  • druhová a environmentální data mějte na samostatných listech, které si pojmenujte třeba “druhy” a “env”
    v době importu nesmíte mít daný soubor otevřený v MS Excel !!!!!!!!!
  • import voláte z File-Import Project-from Excel, pozor na rozbalovací políčko formátu vpravo dole – pokud máte XLS soubor, nastavte XLS, pokud máte XLSX, nastavte XLSX !!!!!!!
  • po označení souboru označte oba listy a potvrďte, že výsledný import bude zahrnovat 2 tabulky
  • prvně importujte druhová data a ponechte první dvě položky Table identity, ale zadejte Table name – obvykle to bude “druhy”; v Data sources zaškrtněte “in a single sheet” a zkontrolujte, jestli je to opravdu list, který to má být; empty cells zde budou rozhodně vždy “zeros” a This table represent “compositional data” (= data, jejichž součet za případ dává smysl – je to buď celková pokryvnost nebo abundance)
  • dejte next a zkontrolujte náhle, dejte zase next a stejně pracujte s tabulkou environmentálních dat (samozřejmě, že ji pojmenujete jinak – asi “envir” – This table represents nastavíte na “general” – co se týče empty cells, tak tady rozhodujte podle toho, co opravdu znamenají)

Návod na import dat má doc. Šmilauer na externím videu.

Základy ovládání

Ovládání bohužel není jednoduché a už vůbec ne intuitivní, a to i když uvažujeme o obrovské komplikovanosti metod. Je ale pravdou, že autoři připravili připravili Setup Wizard, který Vás provede nastavení analýzou a chtěnými výstupy – v něm CANOCO předpovídá, co chcete udělat a nastavení je tam intuitivní. Má dva módy “Quick” a “Slow” – přepínají se ikonou hůlky s pěticípou zlatou hvězdou, která je v panelu hlavní nabídky pátá zleva. Quick mode je jednoduchý a napovídá Vám, co chcete dělat a nabízí Vám jen důležité volby pro standardně zpracovávaná data.

Návod na nejjednodušší možné spuštění analýzy a nastavení analýzy v Quick mode (zde DCA) má doc. Šmilauer na externím videu.

Další analýzy spustíte pomocí tlačítka “New…” na kartě projektu v pracovní ploše programu.

Přehled hlavních výsledků analýzy na příkladu DCA a jednoduchého ovládání ordinačních diagramů má doc. Šmilauer na externím videu. Je tu i ukázka tlačítka “Help”.

Standardní spuštění analýz má doc. Šmilauer na příkladu CCA navazující na předchozí DCA na externím videu.

Nastavení ovládání

Zatímco základní ovládání je intuitivní a průvodce Vás jimi provede v horizontu vteřin, speciální nastavení jsou různě poschovávána v nastaveních.

My zde uvedeme ty, které jsou používány často.

Hlavním nástrojem pro ovládání charakteru výstupů je v hlavní nabídce “Edit” a v ní “Settings“. Popis jednotlivých možností je v manuálu v sekci 7.3.3. Zde uvedená nastavení ovlivňují všechny projekty!!!!! První nabídkou je “Canoco5 Options“:

  • V “General” doporučujeme mít vše zaškrtnuté, ale odškrtnout “Show brief version of notebooks . . .” – jen tak se dostanete ke všem výsledkům analýz, které budete potřebovat!!!!!!!!!
  • V “Data Sheets” zvažte zaškrtnutí “Fast start od the cell editor” a jednotlivé “Data tips”
  • Hodně důležitých nastavení je i v “Analyses“. Pokud se divíte, že to počítá jinak nebo to zobrazuje jinak než očekáváte, tak to může souviset právě s nastavením těchto položek.

Druhou nabídkou je “Graphing options” – je to první místo, kde se nastavují atributy grafických výstupů všech analýz ve všech projektech. Jde především a nastavení související s nastavením zobrazení os, měřítek a pod.

Čtvrtou a asi nejdůležitější nabídkou je “Visual options“. Na tomto místě si nastavujete symbologii, která bude primárně použita ve všech grafech – hlavě barevný versus černobílý formát¨a značky pro kategorie. Grafy lze upravovat i jinde, ale tohle nastavení ovlivňuje grafiku grafu jak ho primárně zobrazí výstup analýzy.

Dalším důležitým nástrojem je v hlavní nabídce “Project” druhá část nástrojů. Ve “Visibility and labeling” se nastavuje hlavně označování případů a proměnných (short vs. full). Pod ní “Classification” a “Groups” slouží ke klasifikaci a definování skupin proměnných nebo případů – budete-li chtít klasifikovat případy, pak se bez toho neobejdete. Poslední dvě nabídky slouží k určení skupin dat pro potlačení nebo znázornění v grafech.

Aby toho nebylo málo, tak hodně důležitá nastavení grafů jsou i v nabídce “Analysis“, kde najdete v dolní třetině možnost “Plot creation options“. Zde se dá nastavit které osy se mají po analýze zobrazit, jak se má provést výběr zobrazených případů, proměnných, jaké hodnoty se mají na osách vynášet atd. Všechno to lze nastavit ručně v “Graph Advisor” pro konkrétní analýzu. Tady to lze ale nastavit pro všechny grafy v projektu. Mimo jiné se tady nastavují koláčové grafy na místo symbolů.

Ve všech výše uvedených nabídkách můžete dělat změny kdykoliv – v už existujících grafech projektu se změny projeví po stlačení tlačítka “Re-create graph“.

Nový graf z analýzy můžete vytvořit přes průvodce “Advise on graphs“, který je v hlavním nástrojovém panelu pod ikonou kouzelnické hůlky na barevném políčku nebo v nabídce “Graphs“. V této nabídce si můžete z dané analýzy vytvořit další grafy. Vypadat budou podle nastavení provedených v nabídkách zmíněných výše. Zde najdete i “Atribute editor“, který je i součástí grafického nástrojového panelu – v něm můžete ručně upravovat grafiku grafu, obvykle tak že pravým tlačítkem myši označíte prvek a pak “suchlike” nebo “similar” a následně otevřete editor. POZOR – pokud dáte “Re-create graph”, tak veškeré úpravy dělané jen přes “Atribute editor” ztratíte – tyto úpravy dělejte až naposled!!!!!!!

Tabulky – pokud potřebujete šahat do dat v tabulkách, tak možné to je především přes nástroje “Data” v hlavní nabídce. Podle našich zkušeností je ale asi rozumnější, pokud s tím nepracujete pořád, opravit si data v MS Excel a znovu si je naimportovat.