B-VegAna

Jde o projekt určený k ukládání, editaci, analýze a vizualizaci vegetace Španělska. Složen je z několika samostatných modulů – pro Vás může být zajímavý Quercus, který je určen pro ukládání druhových záznamů společenstev, Yucca, což je jednoduchý GIS pro vizualizaci jakýchkoliv georeferencovaných dat, na a především Ginkgo, tedy vlastní software, ve kterém najdete několik balíků pro mnohorozměrnou analýzu dat. Je to freeware s jednoduchým a plus-mínus intuitivním ovládáním základních prvků.

Instalace a spouštění

Instalují se jednotlivé moduly – pokuste se držet tohoto. Úplně jednoduchá instalace není, především z důvodu, že to běží na Javě a nemá to bezpečnostní certifikát, což dělá problémy mimo jiné i při každém spouštění = POZOR, spuštění může trvat i několik minut a spouštějte soubor jako správce.

Ovládání

Základní práce s vlastním modulem Ginkgo je poměrně jednoduchá a hodně intuitivní – nástroje jsou tam, kde je čekáte, a jsou jasně pojmenovány. Pro složitější věci je nutné šáhnout do manuálu, který sice není psán nijak excelentně, ale je anglicky, takže není nutno luštit španělštinu/katalánštinu.

Podobně jako ve většině takovýchto software, je i v tomto práce organizovány v projektech. Možnosti nastavení projektu jsou v Project – Edit project options a nastavit je lze při zahájení nového projektu a nebo je lze kdykoliv přes nabídku změnit – hlavní je tady nastavit, co chcete do projektu ukládat a jak se to má s desetinnými čárkami ve Vašich číslech. Vlastní projekty obvykle zahrnují tabulky dat určené k analýze (Data Editor) a výstupy těchto analýz – textové (Analysis Manager) a grafické (Graphic Editor).

V Data Editor lze data různým způsobem upravovat (Edit), transformovat (Transform), počítat z nich popisnou statistiku (Variable Analysis), asociační matice (Object Resemblance) a kreslit některé vybrané asociační grafy (Draw).

V Graphic Editor se na samostatných kartách objevují grafy/diagramy, které jste vytvořili přes Dat Editor nebo Analysis Manager. Lze je ukládat do GIF, JPG nebo PNG a přímo tisknout (File). Vlastní grafy lze upravovat pomocí nástrojů v nabídce Options – jde hlavně o velikost grafu (Resize graphic), změnu měřítka a rozsahu os (Change axes range), vypnutí/zapnutí mřížky (Show Grid), barevnou úpravy zobrazených dat v grafu (Edit series), úpravu popisků dat (Edit Titles) a pak je tam možnost vyhlazení (Antialiasing).

Oproti Graphic Editor je Analysis Manager strukturovaný předem do typů statistiky – každá skupina metod má svou “výstupní oblast”, která je podobná Struktuře užívané v pracovních listech výstup Statistica – jen je pro každou statistiku jen jedna oblast výstupu. Taktéž se liší pás nástrojů statistiku od statistiky – každá má jinou možnost postprocessingu – v ordinačních metodách nás budou zajímat hlavně možnosti tvorby grafických výstupů.

Založení projektu, příprava a import dat

Data si připravujte MS Excel, pokud možno do finální podoby. Vždy mějte zvlášť tabulku pro druhy a zvlášť tabulku pro supplementary variables. Návod na přípravu dat je na videu.

Založení nového projektu je jednoduché a nemá žádných zádrhelů – jen se vždycky podívejte do nastavení projektu.

Import dat je ve Windows 10 ale katastrofální, protože nástroj pro import dat z ASCII formátu, alespoň na naší instalaci nefunguje = odmítá importovat data, která mají před čárkou více než jednu cifru.

Naštěstí existuje možnost špatně naimportovaná data vyexportit do ASCII a do tohohle souboru v poznámkovém bloku vkopírovat původní data a tento soubor opětovně naimportovat do Data Editor.

Návod na založení projektu a import dat je na videu.

Ovládání statistických procedur

Před každou analýzou si pozorně pročtěte manuál, jakým způsobem je ta která metoda počítána a co značí používané zkratky a označení – je to často jinak než ve Statistica nebo v CANOCO.

My si ukážeme na videu princip ovládání na příkladu PCA a následně RDA dat druhového složení rašeliníků, jako jsme to řešili ve Satistica v PCA a CCorA.

Další analýzy se ovládají podobně a konkrétní věci je třeba řešit s manuálem.